El Topo es un western experimental en el que el personaje titular decide enfrentarse a los Maestros guerreros en un viaje transformativo por el desierto que comienza con su hijo de seis años, quien debe enterrar los tótems de su infancia para convertirse en un hombre. El Topo afirma ser Dios, mientras se viste como un pistolero de negro, monta a caballo a través de un paisaje espiritual y místico sembrado de películas del viejo oeste y símbolos religiosos orientales antiguos. En su travesía por el desierto de un oeste simbólico, el pistolero y su hijo enfrentan a una banda de fetichistas comandada por un coronel lascivo que mantiene aterrorizada a una congregación franciscana. Tras matarlos, el Topo deja a su hijo con los monjes y va en busca de los cuatro maestros del revólver, a quienes derrota por el amor de una mujer, y es rescatado de la muerte por un grupo de enanos y minusválidos a quienes intenta liberar.