Los expedientes secretos X presenta a Fox Mulder (David Duchovny) y Dana Scully (Gillian Anderson) como dos agentes del FBI con que han sido encargados de investigar casos que involucran eventos paranormales. La serie muestra mediante episodios oscuros y de caracter atemorizante diversas criaturas paranormales y eventos fuera de la explicación humama. La serie gira en torno a una mitología de conspiraciones gubernamentales y encubrimientos relacionados con extraterrestres. El agente Mulder sospecha profundamente del gobierno y cree fervientemente en la existencia de extraterrestres, debido a que recuerda que su hermana fue secuestrada por extraterrestres cuando era un niño. Scully, una médico capacitada y ferviente creyente de la ciencia, comienza como una escéptica asignada a los Expedientes X para desacreditar las teorías impopulares de Mulder, pero finalmente llega a creer en lo paranormal.