E. J. Bonilla se involucró en la poesía, la danza y la banda, tocando la trompeta durante la escuela secundaria. Se interesó por primera vez en la actuación en noveno grado, cuando fue elegido como Danny Zuko en una obra escolar de Vaselina. Su primer papel fue un comercial no sindicalizado para una película de Hilary Duff llamada Raise Your Voice. Después de graduarse de la escuela secundaria, creó el papel de Rafe, hijo de Natalia Rivera Aitoro, en la obra Guiding Light en mayo de 2007. Bonilla recibió una nominación al Premio Imagen por su interpretación de "Dexter", un ex jugador de baloncesto de la escuela secundaria cuyos mejores días han quedado atrás, en el debut como director de Joshua Sánchez, Four (2012). El actor forma parte del elenco principal de El Exorcista: Creyentes (2023), película de terror que servirá como secuela directa de la adaptación cinematográfica de 1973 de William Friedkin.