Hijo del actor brasileño Guy Ecker, Jon-Michael Ecker creció en Texas y obtuvo una licenciatura en Biología Acuática de Universidad de California Santa Barbara (UCSB) antes de mudarse a la Ciudad de México para dedicarse a la actuación. Desde 2010, comenzó a participar en varios proyectos televisivos, pero obtuvo su primer papel importante como Aaron "Ari" Morales en la telenovela colombiana Popland! (2011). Además de participar en algunas telenovelas y series de televisión de paga para el púbico latinoamericano, Ecker participó en la exitosa Cantinfas (2014), dándole vida al icónico actor hollywoodense Marlon Brando. En 2014, Ecker regresó a los Estados Unidos y comenzó a trabajar en el mercado del idioma inglés. Obtuvo el papel de El Lion en la serie de Netflix Narcos, así como el de Raymundo "El Güero" Dávila en la serie de USA Network Queen of the South. En 2021 protagoniza junto a Katherine Heigl y Sarah Chalke la serie de Netflix El baile de las luciérnagas.