Lejos de cualquier intento serio de conquista, el Pelotón Keroro se ha instalado cómodamente en la Tierra, disfrutando de una vida relajada y despreocupada. Entre sus días de ocio y situaciones absurdas, todo transcurre con normalidad, hasta que una serie de fenómenos inexplicables comienzan a aparecer en distintos puntos del país, alterando la calma y generando una creciente sensación de amenaza. Aunque al inicio parece un misterio aislado pronto la magnitud del problema comienza a incrementar a gran escala, lo que obliga a Keroro y a su equipo a volver a la acción. Dejando de lado su habitual pereza, el pelotón decide intervenir y asumir nuevamente su rol, impulsados por el orgullo que aún conservan como invasores. Pero a medida que avanzan en su misión, descubren unas extrañas letras que aparecen por todas partes y que parecen estar conectadas con el origen del caos, dando así inicio a la batalla más grande que se enfrentarán en la era Reiwa.