Tras los desgarradores acontecimientos de la primera entrega, Madoka Kaname y las demás chicas mágicas comienzan a conocer la verdadera naturaleza que hay detrás de los contratos. Lo que parecía una oportunidad para cumplir sus más grandes deseos y convertirse en heroínas esconde una una realidad mucho más cruel y complicada, mientras Kyubey revela nuevos detalles sobre su origen y el destino que les espera a quienes aceptan su propuesta. En medio de esta sorprendente revelación, Homura Akemi continúa luchando por su cuenta y se convierte en la última esperanza frente a una amenaza que parece imposible de detener. Simultáneamente, su pasado empieza a salir a la luz, dejando al descubierto las razones que explican su determinación. Pero todo se sale de control con la inminente llegada de Walpurgisnacht, una aterradora y poderosa bruja que pone a la ciudad de Mitakihara y todos sus habitantes en peligro, lo que obliga a Madoka a tomar una decisión crucial que podría cambiar para siempre su vida y la de sus amigas.
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