La trama de la cinta es una especie de adaptación y remake de los primeros seis episodios del anime original Neon Genesis Evangelion.
Spike Spencer y Allison Keith repiten sus papeles del primer doblaje de la serie de televisión creada por ADV Films. John Swasey retoma su papel de Gendo Ikari del corte de directores de la serie (reemplazando a Tristan MacAvery). Además, Tiffany Grant, la voz en off en inglés de Asuka Langley Soryu, ha declarado que quería volver a interpretar su papel de Asuka.
Robin Williams, devoto seguidor de la serie, mostro interés en prestar su voz para el personaje de Gendo.
El codirector Kazuya Tsurumaki aceptó unirse al proyecto con la condición de que Hideaki Anno tuviera la tercera película centrada en "Rei 3" (el tercer clon de Rei)