Después de varios años alejados del FBI, Fox Mulder y Dana Scully han dejado atrás sus investigaciones sobre fenómenos inexplicables y ahora llevan vidas completamente diferentes. Mientras Mulder se mantiene alejado de la sociedad y vive prácticamente en el anonimato, Scully ha encontrado un nuevo propósito como médica de un hospital católico, donde atiende a varios pacientes y se preocupa especialmente por un niño que atraviesa una enfermedad grave, con quien ha creado un vínculo especial. Sin embargo, la rutina de ambos cambia repentinamente cuando un grupo de mujeres son abducidas misteriosamente y la única pista proviene de un antiguo sacerdote, condenado por un grave delito, quien asegura estar recibiendo extrañas visiones relacionadas con el secuestro. Ante la falta de respuestas, el FBI decide reclutar a los exagentes Fox Mulder y Dana Scully para hacerse cargo de la investigación, pero su reencuentro los llevará a enfrentarse a un caso mucho más difícil de lo que imaginaban.
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