El Estadio Shea tuvo que ser recreado, pues luego de la primera entrega de Hombres de Negro fue demolido.
El retraso en la producción orilló a Alec Baldwin a salir del proyecto por cuestiones de agenda.
El maquillaje de Jemaine Clement tomaba cuarto horas y media en estar listo.
Sacha Baron Cohen fue considerado para hacer el personaje de Boris.
Michael Bay declaró que estaba muy interesado en dirigir esta tercera entrega, pero al final el director fue el mismo de las primeras cintas.