Con un nuevo diseño y un poderoso rayo atómico en su máxima potencia,Godzilla vs. el calamar gigante presenta a la legendaria criatura una vez más como una fuerza literal de la naturaleza para Japón. Los científicos de Inteligencia de control de crisis (CCI) encuentran un objeto volador no identificado (OVNI) de sesenta millones de años en las profundidades de la Fosa de Japón. CCI intenta levantar el OVNI para estudiarlo, éste despega hacia el cielo por sí sólo. Mientras tanto, Godzilla llega a una aldea donde lucha contra las Fuerzas de Autodefensa de Japón, ahora equipadas con poderosos misiles Full Metal. Pero la lucha se ve interrumpida cuando aparece el OVNI, buscando información genética que sólo Godzilla posee. Una lucha entre los dos empieza, una que se vuelve más peligrosa para los ciudadanos de Japón cuando el OVNI se transforma en un misterioso kaiju llamado Orga. Godzilla y Orga se encentrarán para el enfrentamiento final en la ciudad de Shinjuku.
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