Corazón del tiempo se desarrolla en un poblado zapatista ubicado en la selva Lacandona en Chiapas, México. Sonia está comprometida con Miguel, el matrimonio ya está acordado por las familias, la han "pedido" y se dio como dote una vaca. Pero un buen día ella conoce a Julio, un teniente guerrillero de quien se enamora. Este amor pone en riesgo la seguridad de la comunidad y del ejército insurgente. Alicia, la hermana menor de Sonia conversa constantemente con Zoraida, su abuela a quien le cuenta todo lo que ve. El ejército del gobierno ocupa las tierras rebeldes y aprieta su cerco, los helicópteros de guerra sobrevuelan las comunidades. La electricidad está a punto de llegar a la comunidad, Miguel es el encargado de traer la turbina a través del cerco militar. Los modernos mayas de la selva han emprendido una transformación profunda para México, medio siglo atrás, el amor permitió a Zoraida dejar la esclavitud en las grandes fincas para irse a vivir libremente a la selva en compañía de su hombre, ahora el amor provoca que Sonia desafíe la tradición. Las cosas han cambiado en los últimos tiempos y los miembros de una comunidad deciden poner un alto y rebelarse contra “el mal gobierno” que los oprime.
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