La película está situada entre las temporadas cinco (episodio "The End") y seis (episodio "The Beginning") de la serie de televisión.
Chris Carter originalmente quería terminar la serie de televisión después de la quinta temporada y continuar la mitología del espectáculo con una serie de películas, comenzando con esta. Sin embargo, Fox Network consideró que la serie era demasiado rentable y obligó a Carter a escribir esta película como un vínculo entre dos temporadas del programa, una tarea que encontró muy abrumadora.
Se utilizaron 3000 abejas para la secuencia dentro del domo de abejas.
El momento menos favorito de Gillian Anderson del rodaje fue la secuencia en la que Mulder y Scully corren a través de un campo de tallos de maíz. Mientras corría detrás de David Duchovny, mucho más alto, ella recibía golpes en la cara con las hojas.
Filmada en 10 semanas durante la pausa entre las temporadas 4 y 5 del programa. También se realizaron nuevos disparos durante la producción de la temporada 5, por lo que Mulder o Scully aparecen de manera menos prominente en algunos de los episodios que se hicieron ese año.