La primera escena de acción tomó seis meses de entrenamiento y cuatro días de filmación.
Hay muchos diálogos explicando lo que sucede en la película por insistencia de los productores, que llamaban al guion: "el guion que nadie entiende."
Para kla escena donde Moefeo y Neo hablan por telefono en MetaCortex, Keanu Reeves salío por la ventana del edificio sin usar un doble a pesar de estar arriba 34 pisos.
Carrie-Anne Moss se lastimó un tobillo mientras filmaba una de sus escenas pero no le dijo a nadie hasta que terminaron la película para que no la cambiaran por otra actriz.
En 2012, el guion de Matrix fue elegido por la Libreria del Congreso de Estados Unidos para preservación en el archivo del Registro Nacional de Filmes.