Durante el siglo XVI en la Nueva España, bajo el gobierno del Rey Felipe II, el Santo Oficio ordenó castigar a todas las personas que practicaran la ley de Moisés; al mismo tiempo, durante esa época se desató una epidemia de la cual la iglesia católica decidió culpar a los propios judíos, lo que conllevo a la cacería de sus creyentes. El santo oficio sigue la historia de Gaspar de Carvajal, un dominicano que no ha visto a su familia desde que tenía 10 años cuando fue enviado a dedicarse a la vida religiosa. Un día, asiste al funeral de su padre, donde nota que el cuerpo fue lavado, luego enterrado en un sudario y sin ataúd. Gaspar le dice a su confesor que sospecha que su familia, los judíos convertidos al catolicismo, todavía siguen las viejas costumbres. El padre Lorenzo dice que este asunto debe llevarse ante la Inquisición. Alonso de Peralta, inquisidor jefe de Nueva España, ordena arrestar a la familia Carvajal por el testimonio de su hijo.
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