Se acercan las vacaciones de Navidad y Zipi y Zape no se han portado del todo bien. En lugar de unas vacaciones como las que acostumbran, acompañarán a sus padres a un aburrido viaje en barco. Los niños se llevan una gran sorpresa al llegar a su destino: una increíble isla en medio del mar.
Estando ahí, una gran tormenta obliga a la familia entera a buscar refugio en una misteriosa casa: se trata de la mansión de la señorita Pam (Elena Anaya), una peculiar mujer que colecciona niños huérfanos y les permite una vida sin reglas, aunque en cautiverio. Una mañana, Zipi y Zape despiertan para descubrir que sus padres se han ido y que ahora ellos sólo son dos huérfanos más. Juntos y al lado de sus nuevos amigos intentarán descubrir qué pasó con sus padres y de paso, develar los secretos detrás de la señorita Pam, la isla misteriosa y cada uno de los niños que en ella habitan.
Zipi y Zape y la isla del Capitán es la segunda cinta protagonizada por los niños aventureros. Al igual que Zipi y Zape y el club de la canica, la película es dirigida por el español Oskar Santos.
Basada en los personajes de las historietas creados por José Escobar a partir de 1948.
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