Pocos años después de que el gobierno ruso aprobará una ley, la cual imponía la educación religiosa obligatoria en las escuelas, la situación escolar no parece haber sufrido mayores cambios. Sin embargo, un joven estudiante, Venya, empieza a leer la Biblia y se obsesiona con sus conceptos y palabras, los cuales parecen ir en contra de lo que ve a su alrededor.
Primero negándose a tomar una clase de natación, debido a que las chicas utilizan bikini y, posteriormente, cuestionando la necesidad de la educación sexual, Venya empieza a recurrir a argumentos difíciles de refutar. Su madre y sus maestros parecen estar impedidos de cambiar las acciones del chico y quien, poco a poco, ha empezado a llenarse de seguidores: jóvenes que también buscan respuestas y que han encontrado en el discurso de Venya, algunas de ellas. El discípulo está inspirada en la obra del escritor alemán, Marius von Mayenburg.
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