Gintama toma acción en la ciudad de Edo, anteriormente conocida como Tokio, la cual ha sido conquistada por una raza extraterrestre conocida como “Amanto”, gente del cielo. Desde su llegada, un grupo de samuráis ha luchado en su contra, por más de 10 años, pero al ser derrotados, serían erradicados y ninguna persona de la ciudad podía poseer una espada. Varios protectores han sido perseguidos, por lo que viven y operan en la clandestinidad.
Uno de ellos, Gintoki, busca cualquier empleo para sobrevivir, ocultando su pasado de guerrero, pero en su camino se cruza el adolescente Shinpachi, quien trata de rescatar a su hermana, la cual fue secuestrada por un grupo de alienígenas y forzada a trabajar en un burdel.
El acto heroico de Shinpachi despertará en el antiguo samurái un deseo de protección y venganza, tomando al adolescente como su aprendiz e iniciando un nuevo contraataque en contra de la raza extraterrestre que los ha conquistado.
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