Batman se suma a la pandilla de Scooby-Doo cuando los villanos de ambos mundos se unen para causar estragos en la ciudad. Al parecer Scooby-Doo y la máquina del misterio han conocido a más celebridades que cualquier otro personaje animado y en esta ocasión se unen al legendario Batman y a la liga de misterios de ciudad Gótica para ayudarle a resolver el único caso que el caballero de la noche no ha podido resolver en Scooby-Doo! y Batman el Valiente. Después de salvar a Scooby-Doo y a la pandilla de unos villanos verdaderamente peligrosos, Batman consigue la ayuda de Mystery Inc. para ayudarle a resolver uno de sus pocos casos sin resolver, cuando aparece nueva información. Parece que la nueva pista les ayudará a atrapar al mavado. Mientras tanto, también tienen que lidiar con un nuevo villano misterioso que se llama a sí mismo "Capa Carmesí", que está planeando apoderarse de Ciudad Gótica.
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