Emma Collins (Tania Raymonde), una eminente bióloga marina, y su tripulación han establecido un laboratorio en Little Happy, una isla artificial diminuta en el Canal de Mozambique que alberga un criadero donde prospera la vida marina. Ahí, están observando la primera zona conocida de apareamiento de los grandes tiburones blancos. Desafortunadamente, los tiburones toro mejorados que escaparon en Alerta en lo profundo 2 también están allí con su propio objetivo evolutivo: cruzarse con los grandes tiburones blancos más rápidos. El patrocinador de la misión, Richard Lowell (Nathaniel Buzolic), cree que los tiburones toro contienen la clave para mejorar la inteligencia, que en secreto tiene la intención de vender para obtener grandes ganancias. En Alerta en lo profundo 3, Emma y su equipo están atrapados en casas sobre pilotes que se desmoronan a pocos metros sobre el océano, atrapados entre depredadores por encima y por debajo del agua.
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