En Matrix Recargado, han pasado seis meses y Neo ha aprendido más sobre sus nuevos poderes y sigue probando ser el elegido mientras más y más gente ha sido liberada de la Matrix y traídos a Sion, la última ciudad de la resistencia humana. Pero pronto todo está en peligro cuando un grupo de 250 mil máquinas centinelas se dirigen hacia Sion y llegarán en 72 horas para aniquilar lo que queda de la humanidad. Pero Morfeo anima a los ciudadanos de Sion recordándoles las palabras del Oráculo: el Elegido todavía está a tiempo de parar la guerra contra las Máquinas. Pero Neo no se encuentra del todo seguro luego de que el Oráculo le explicara que el continuo sueño que ha tenido sobre Triniti es una muestra del futuro y que pronto se enfrentará a una resistencia creciente, a una verdad aún más cegadora, una elección aún más dolorosa que lo que jamás habría imaginado.
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