En 1856, un ballenero llega a Paita, Perú; a bordo va Herman Melville, quien se asombra al saber que Manuela Sáenz (Beatriz Valdés), durante ocho años la amante de Simón Bolívar, sigue viva. Él la llama, y aunque ella no le habla de su vida, su visita la envía a su cofre de las cartas de Bolívar. A medida que los lee, el presente en tonos sepia da paso a flashbacks en color: es entonces que conoce al 'Libertador' en 1822, se convierte en su amante y también se convierte en coronel en su movimiento militar para realizar la 'Gran Colombia', una nación a través de Sudamerica. A medida que la peste (traída por el barco) se acerca a la casa de Manuela, su tempestuosa historia avanza hacia la traición y muerte el gran liberador de países como Colombia, Ecuador, Panamá, Perú, Bolivia y Venezuela, en la emancipación de América del imperio español en Manuela Sáenz.
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