Tras líneas enemigas sigue la historia de Chris Burnett, un aviador naval a bordo del U.S.S. Carl Vinson, que está buscando hacer algo más que las aburridas misiones de reconocimiento aéreo que ha estado haciendo y está frustrado con las estrictas políticas de "no intervención" que le impiden experimentar un combate contra las fuerzas bosnias hostiles. En el día de Navidad, Burnett se encuentra volando en la única misión del día sobre una Bosnia devastada por la guerra. Mientras realiza el reconocimiento fotográfico de rutina captura imágenes espeluznantes que sirven como prueba de crímenes genocidas. Pero cuando habla con el piloto Stackhouse para desviarse ligeramente del rumbo y seguir investigando, los dos son derribados. Burnett pronto se encuentra solo, tratando de escapar de un ejército que lo persigue, mientras que el comandante en jefe Reigert encuentra su operación de rescate paralizada por la política.
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