Cuando Phineas, Ferb y Perry siguen al Dr. Doofenshmirtz a través de su "Otro dimensionador", se encuentran en un universo alternativo donde un segundo Dr. Doof, verdaderamente malvado, gobierna su Área Tri-estatal con un ejército de Normbots. Para salvar a sus amigos de una perdición segura, Perry no tiene más remedio que hacer el máximo sacrificio al revelar su identidad secreta como el Agente P en Phineas y Ferb la película: A través de la 2ª dimensión, pero pronto se da cuenta que fue una trampa y queda atrapado por el otro Dr. Doofenshmirtz. Phineas y Ferb escapan, se encuentran con su yo de la segunda dimensión y comienzan su propia misión para rescatar a Perry. A medida que descubren su plan para viajar de regreso a su dimensión para apoderarse de su Área Tri-State, la pandilla, así como sus alter-egos, deben unirse para detenerlo.
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