Basada en hechos reales, La misionera de San José cuenta la historia de Ana (Marian Arahuetes), una joven valiente de un remoto pueblo del sur de España que, a punto de casarse, renuncia a su matrimonio para dedicarse, junto a un grupo de laicas, a cuidar de los pobres y abandonados. Después de años, fundó la Congregación de Madres de Desamparados y San José de la Montaña, que a día de hoy ayudan a los más necesitados en 9 ciudades de España. A partir de entonces, Ana cambió su nombre por el de Petra y su vida se convirtió en una sucesión ininterrumpida de sorpresas, alegrías, apariciones de San José, pero también de tragedias, calumnias y persecuciones dentro de la Iglesia. Como último recurso, Petra defiende su causa ante el Papa San Pío X. Con la intensión de sumergir al espectador en la terrible atmósfera de odio a la fe del inicio de la Guerra Civil española, también narra el misterioso robo de los restos de Petra treinta años después de su muerte.
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