Hace algún tiempo, este mundo fue creado por una niña y luego fue destruido por ella para desahogar su frustración hacia la realidad. Fueron Gridman el Hyper Agent, el monstruo humano que ella creó, Yuta Hibiki y sus amigos quienes salvaron su corazón. En Gridman Universe, Yuta Hibiki acababa de convertirse en un estudiante de segundo año de secundaria y decide revelarle sus sentimientos a su compañera de clase, Rikka. Sin embargo, Kaiju aparece de repente y comienza a atacar la ciudad. Gridman regresa de la dimensión alternativa y le dice a Yuta que los mundos de diferentes dimensiones que alguna vez estuvieron en armonía estan perdiendo rápidamente su equilibrio. Cuando el dragón rojo Dyan Rex, los seguidores de Gridman llamados “Estudiantes de Secundaria Neon Genesis”, y los residentes de un mundo alternativo, Yomogi Asanaka y sus amigos aparecen uno por uno, Yuta se ve nuevamente atrapado en una gran crisis.
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