El famoso pistolero a sueldo Ryo Saeba se encuentra con una figura oscura de su pasado. Kenji Kodama, director de la franquicia City Hunter, dirige también City Hunter the Movie: Angel Dust para el estudio Sunrise y la compañía The Answer Studio. En la ciudad de Shinjuku se encuentra el talentoso taller de eliminación de desechos "City Hunter" que resuelve varias solicitudes, dirigido por Ryo Saeba y su compañera, Kaori Makimura. Esta vez reciben una petición de la creadora de videos, Angie, para encontrar un gato fugitivo. Llega una solicitud. Mientras tanto, Saeko Nogami del Departamento de Policía Metropolitana, con la ayuda de Umibozu y Miki, comienza una investigación sobre la invención de la empresa de biotecnología Zoltic. El invento es algo aterrador que transforma a los soldados en el campo de batalla en superhumanos, y es la última versión del "Angel Dust" que una vez devoró a Ryo y mató a su compañero, Hideyuki Makimura.
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