La cinta fue inspirado por los recuerdos personales del director, Guillermo del Toro especialmente en su relación con su tío, quien supuestamente regresó como un fantasma.
El título de la película se refiere a la condición médica de la espina bífida.
El diseño del fantasma se inspiró en los espíritus de cara blanca de las películas de terror japonesas como El Aro (1998).
Guillermo del Toro escribió la película cuando estaba en la universidad y la trabajó durante dieciséis años.
La película se gestó cuando Guillermo del Toro se encontró con Pedro Almodóvar en el Festival de Cine de Miami de 1994, donde acababa de mostrar Cronos (1993). Almodóvar le dijo que acababa de ver su película y quería producir su próxima cinta.