Entre tinieblas cuenta la historia de Yolanda Bell (Cristina Sánchez Pascual), una cantante que trabaja en un club nocturno. Cuando su novio fallece a causa de una sobredosis, teme que la policía la busque y decide pedir refugio en un convento. Ahí la mujer conoce a unas peculiares religiosas: Sor Estiércol (Marisa Paredes) que es adicta a la heroína, Sor Rata (Chus Lampreave), que pasa sus ratos escribiendo apasionadas novelas de amor, otra hermana que tiene a un tigre dentro del convento como mascota y una más que sueña con transformarse en diseñadora de modas y que, además, está enamorada de un sacerdote. Al conocer a Yolanda, las religiosas se emocionan y juntas empiezan a producir un espectáculo que pueda convencer a la madre superiora de no abandonarlas dejando el convento a su suerte.