Animatrix lleva al animé al frente y al centro, con las Wachowski entregando el mundo de Matrix a un grupo de talentosos artistas y cineastas y dejándolos divertirse con él. Un gato desaparece y su dueño adolescente sale a cazar para encontrarlo en Beyond. Un niño al que le cuesta creer que está en un mundo real y se siente cada vez más desconectado de él en Kid's Story. World Record cuenta la historia de un atleta de pista que es capaz de romper las reglas de Matrix por pura voluntad, pero no lo sabe. A Detective Story sigue la búsqueda de un detective privado de la hacker Trinity. Final Flight of the Osiris es el único episodio animado completamente en 3D. Fuertemente inspirado por el anime más antiguo, Program pregunta ¿qué harías si supieras que estás viviendo en una simulación? Matriculated sigue la idea de ver hasta dónde llega la madriguera del conejo. Escrito por Lana y Lilly Wachowski, The Second Renaissance, Parts I & II son los episodios que explican cómo surgió Matrix.
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