Guillermo del Toro se negó a realizar El laberinto del fauno en Hollywood en repetidas ocasiones a pesar de que algunas ofertas le otorgaban el doble de presupuesto para hacer la película. Del Toro no quería comprometer el filme para satisfacer las "necesidades del mercado" que Hollywood hubiera requerido.
Guillermo del Toro se encargó de escribir los subtítulos en inglés por sí mismo. Del Toro hizo esto a raíz de la incomodidad que le habían causado las traducciones de sus otras cintas.
Guillermo del Toro acostumbra escribir libros de todas sus producciones. Estos libros contienen notas importantes de la producción, así como dibujos de todo el proceso antes de la filmación. Con El laberinto del fauno, Guillermo del Toro sufrió la pérdida de uno de estos libros, lo cual lo llevó a pensar que nunca podría realizar el proyecto. No obstante, el taxista que encontró dicho libro se lo regresó al director tras darse cuenta de lo importantes que eran todas estas notas. Guillermo del Toro tomó toda esta experiencia como una señal para llevar a cabo el rodaje.
Guillermo del Toro tuvo la oportunidad de ver la película al lado del escritor Stephen King. De acuerdo con el director, Stephen King se mostró nervioso e inquieto durante la escena en la que Ofelia es perseguida por el Pale Man. Para Guillermo del Toro, esta experiencia fue como "haberse ganado un Oscar".
Guillermo del Toro sacrificó su salario para poder filmar la cinta. Hasta el día de hoy, el director cree que valió la pena haber tomado esa decisión.
El laberinto del fauno recibió 22 minutos de aplausos en el Festival de Cannes.
El actor Doug Jones tardaba alrededor de 5 horas para convertirse en el Pale Man. Una vez caracterizado, Jones tenía que usar los hoyos diseñados como nariz del personaje para guiarse por el set. Por si esto fuera poco, Doug Jones era el único americano en el rodaje y por lo tanto, el único actor que no hablaba español.
Guillermo del Toro reescribió la edad de la protagonista tras quedar sorprendido por la actuación de Ivana Baquero. El personaje originalmente estaba escrito como una niña de ocho o nueve años.
En México y España, varios cines colocaron advertencias en los pósters de la cinta para comunicarle a los padres de familia acerca de la violencia gráfica de la historia. Esto fue necesario tras observar que durante la primera semana de exhibición, muchos niños pequeños entraban a ver la película.
En algún momento se dijo que Guillermo del Toro había rechazado dirigir Las Crónicas de Narnia: El león, la bruja y el ropero (2005) para filmar El laberinto del fauno.
La cantante Björk se vio tan afectada por la historia que escribió la canción "Pneumonia" tras ver la película.
La banda sonora creada por Javier Navarrete está estructurada como una canción de cuna.
Guillermo del Toro empezó a escribir las primeras ideas de El laberinto del fauno en 1993.