El joven Tomoro Tenma vive en un mundo donde los pensamientos y emociones humanas conocidos como ‘e-Pulse’ se encargan de alimentar dispositivos de Inteligencia Artificial denominados como Sapotama. Hasta el momento todo marchaba bastante bien en su mundo, pero últimamente está ocurriendo un fenómeno diferente y es que de los Sapotama comienzan a materializarse unas criaturas llamadas Digimon, éstos se alimentan del e-Pulse y poco a poco van evolucionando. Muchos creen que son una amenaza así que piensan erradicarlos, pero cuando del Sapotama de Tomoro surge un Digimon llamado Gekkomon, el joven se da cuenta que quizás no son tan malos como el resto cree, así que se unirá a un grupo secreto que investiga Digimon rebeldes. Con esto se dará cuenta de los oscuros secretos que se esconden tras el sistema alimentado y corrompido por las emociones.