Ambientada a finales del período Edo, en Kioto, esta historia sigue al Shinsengumi, un grupo de élite de samuráis que ha estado activo con el propósito de proteger al shogunato. Dentro de este grupo de élite existen tres samuráis, Hijikata Toshizo, Kondo Isami y Okita Soji, quienes verán marcadas sus vidas por el deber, lealtad, traición, guerra, enfermedad y numerosos eventos que desembocarán en un nuevo orden. A lo largo de los episodios, los tres se verán puestos a la deriva por la profunda inestabilidad política. Debido a que Hijikata es todo un símbolo dentro del Shinsengumi y fuera de éste, se relatarán sus orígenes y la manera en la que llegó a convertirse en elemento más crucial de este período.