Los problemas continuan para los Jennings en esta temporada. Mientras el destino de Philip y Elizabeth se pone en riesgo debido a un error en el pasado de Paige, toda la familia debe de unirse aún más si es que quieren salir bien librados de este problema.
Philip cada vez está más agotado de su trabajo como espía y sus convicciones se tambalean en todo momento, mientras su relación de trabajo con Marta se vuelve más complicada.
La trama principal de está temporada se centra en la búsqueda de un virus mortal que los soviéticos tratan de robar del gobierno Americano. Dylan Baker, un espía veterano y un hombre solitario, debe de lidiar con los problemas de transportar este virus, pero que aparentemente le importa poco debido a que se encuentra abatido por su soledad y angustia. Esto lejos de ayudar a Philip, los angustia y le trae más dudas sobre su trabajo.