Tras haber vencido a sus enemigos en la temporada pasada, los mosqueteros han logrado mantener a Francia bajo mayor orden y protección, pero de igual manera no bajan la guardia, pues saben que siempre hay constantes amenazas y enemigos sembrándose. En esta segunda temporada deberán ayudar a más personas que sólo al rey, pues varios solicitarán sus servicios de protección y rescate. Una de las misiones a las que deberán adentrarse los llevará hasta España en la que deberán sacar con vida a un general francés que se encuentra recluido en este lugar. También ayudarán a un hombre marroquí llamado Tariq Alaman, quien les dará a cambio la de fórmula de un poderoso explosivo si rescatan a su hija que ha sido secuetsrada por agentes españolas que quieren robar esta fórmula. Los Mosqueteros seguirán motivados para trabajar y pelear por lo correcto y lo justo.