La cuarta temporada de la serie se centra principalmente en la investigación de los agentes federales del FBI Fox Mulder y su compañera Dana Scully, sobre una conspiración alienígena, que está protegida por el misterioso Sindicato. A mediados de la temporada, Scully es diagnosticada con cáncer terminal, como resultado de su secuestro anterior, y Mulder comienza a perder su fe en la idea de extraterrestres.
24 episodios
Transmitida en FOX
Transmitida desde: 4 de octubre de 1996
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Perseguido por un Alien Bounty Hunter, Jeremiah Smith lleva a Mulder a una granja donde encuentra a varias chicas que son clones de su hermana.
En una ciudad pequeña y pacífica, los agentes investigan la muerte de un bebé con defectos de nacimiento perturbadores, y el rastro conduce a un clan de mutantes genéticos endogámicos.
Mulder y Scully son llamados para investigar las muertes inexplicables de varias personas africanas cuyo color de piel se ha vuelto blanco como resultado de un trastorno médico raro o una maldición extraña.
Los agentes Mulder y Scully investigan un grupo de secuestros extraños en los que las únicas pistas son fotografías inexplicables.
La búsqueda del agente del FBI Mulder de un informante dentro de un complejo de culto lleva a Scully y a él a una de las esposas del líder de culto.
Los homicidios extraños en la unidad de cirugía plástica de un hospital hacen que Mulder y Scully sospechen que una fuerza sobrenatural puede ser responsable.
Mulder, Scully y Byers se encuentran con Frohike, donde detalla lo que pudo haber sido la vida real del Fumador.
Un correo diplomático que transporta carga mortal involucra a los agentes Mulder y Scully en una peligrosa red de intriga, que lleva a Mulder a un viaje a Rusia.
Scully y Skinner asisten a una sospechosa audiencia en el Senado, mientras Mulder y Krycek se enfrentan en un gulag ruso.
El agente Mulder es perseguido por un viejo caso en el que las niñas fueron asesinadas y los corazones cortados de sus camisones.
La lluvia mortal en un campo de trabajadores migrantes envía al Agente Mulder y Scully a la pista de una bestia mítica: El Chupacabra.
La desaparición del cuerpo de un hombre de una morgue del hospital lleva a Mulder y Scully a investigar las extrañas circunstancias que rodearon la muerte del hombre.
En una misión en solitario fuera de la ciudad, Scully conoce a un hombre cuyo tatuaje no quiere compartirlo, especialmente con Scully.
El miedo por la salud de Scully envía a Mulder a investigar las extrañas circunstancias que pueden explicar su misterioso secuestro hace dos años.
Un homicidio en una comunidad judía conduce a la muerte de los asesinos, lo que obliga a Mulder y Scully a determinar si la venganza o las fuerzas más grandes están en acción.
El misterioso asesinato de un oficial militar de alto rango hace que Mulder y Scully corran contra el reloj para detener a un asesino aparentemente imparable e invisible.
Mientras celebra el cumpleaños de Scully, Mulder se entera de la muerte de Max Fenig en un accidente aéreo.
La investigación continúa para los agentes Mulder y Scully del aparente derribo del vuelo 549 por un ovni. Encuentran una oposición mortal de los militares, que continúa encubriendo la verdad del incidente.
Mulder y Scully investigan un homicidio para el que el sospechoso presenta una coartada increíble: que la muerte fue pronosticada por un anciano capaz de ver el futuro.
Un pequeño pueblo es "bendecido" por los bebés que nacen con cola. Mulder y Scully llegan solo para encontrarse con un sospechoso que resulta casi imposible de identificar.
El Agente Mulder inicia una investigación criminal sobre una extraña muerte que, según él, tiene conexiones con A.D. Skinner.
Mulder y Scully rastrean una serie de homicidios que conducen a un hogar para enfermos mentales y una pista que no tiene sentido: cada víctima tenía una supuesta advertencia de los muertos.
Scully está preocupada por el bienestar de Mulder cuando sufre una pérdida de memoria mientras investiga un caso, y es el único sospechoso en un brutal doble homicidio.
Los investigadores en el norte de Canadá descubren lo que finalmente puede ser una prueba irrefutable de existencia alienígena, pero incluso Mulder es escéptico.