La temporada seis continua con los eventos ocurridos en la película de The X-Files de 1998. La temporada se centra en los agentes federales del FBI, Fox Mulder y Dana Scully durante la separación de la División de los X-Files y la desaparición del Sindicato, un grupo del gobierno que está en las sombras y que intenta para ocultar la existencia de los extraterrestres.
22 episodios
Transmitida en FOX
Transmitida desde: 8 de noviembre de 1998
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Con la reapertura de los Expedientes X, Fox Mulder y Dana Scully buscan ansiosamente una criatura mortal en el desierto de Arizona.
Con Mulder atrapado en un automóvil por un hombre aparentemente trastornado, Scully se apresura a determinar si el hombre sufre una enfermedad mortal.
Mulder va en busca de un barco que desapareció en el Triángulo de las Bermudas en 1939. Pero cuando se sube a bordo, Mulder descubre que él, y todos los pasajeros y la tripulación todavía están atrapados en el pasado.
Un aviso anónimo finalmente lleva a Mulder y Scully a la meca de toda la tradición ovni: Área 51. Mientras los agentes son abordados por personal adecuado de la base, presencian el vuelo de una misteriosa nave.
Scully comienza a sospechar que el extraño comportamiento de su pareja es más de lo que parece ser, mientras Mulder lucha para que su vida vuelva a la normalidad antes de que sea demasiado tarde.
En la víspera de Navidad, Mulder y Scully se encuentran atrapados en una casa embrujada con dos fantasmas que están decididos a demostrar cuán solitarias pueden ser las vacaciones.
Un bebé de una mujer embarazada es arrancado de su vientre por un demonio. El agente Spender cree que el caso es una broma.
Cuando Mulder y Scully investigan a un hombre que afirma que puede controlar la lluvia en un pequeño pueblo de Kansas afectado por la sequía, se encuentran con una fuerza más poderosa que el clima.
Cuando Skinner se infecta con una enfermedad desconocida y recibe una misteriosa llamada telefónica que le dice que tiene 24 horas de vida, Scully y Mulder se apresuran a encontrar una cura y los responsables.
Un agente novato pide la ayuda de Scully para demostrar que un pintoresco fotógrafo de la escena del crimen es un asesino en serie. Con la ayuda de un Mulder aburrido, Scully descubre el verdadero secreto oscuro del hombre. Y una vieja profecía sobre Scully se hace realidad.
Los rebeldes alienígenas regresan para matar a los secuestrados, incluidos Scully y Cassandra Spender. Con el Sindicato en ruinas, el Fumador le revela la verdad al Agente Spender con la esperanza de que continúe su trabajo.
Todos se preparan a su manera para el sangriento final del juego de los rebeldes alienígenas, después del cual nada volverá a ser igual.
Mientras se produce un huracán en la costa de Florida, los agentes buscan un monstruo marino que Arthur Dales cree que es responsable de la desaparición de una pareja y su hijo.
Una mujer intenta desesperadamente cambiar el resultado de los acontecimientos de un día en el que se ve obligada a revivir una y otra vez en la que su novio explota una bomba durante un robo bancario fallido que mata a todos los que están dentro, incluidos Mulder y Scully.
En su primera asignación después de ser reincorporados a los Expedientes X, Scully y Mulder van encubiertos como marido y mujer en una comunidad planificada de clase alta donde varias parejas han desaparecido.
Se atribuye una serie de asesinatos a un mítico perro asiático que supuestamente escapó del criptozoólogo estadounidense que lo atrapó.
Un convicto fugado parece haber ganado la capacidad de atravesar objetos sólidos y personas. Mulder y Scully deben encontrar al convicto mortal antes de que pueda llegar a su ex novia.
Un extraño escritor enamorado de Scully se mueve al lado de Mulder y procede a hechizarla lentamente mientras escribe.
Al buscar en un libro de referencia del FBI, Mulder encuentra una fotografía de Arthur Dales con un equipo de béisbol y el cazarrecompensas alienígena.
Al infiltrarse en una conferencia de contratistas de defensa en Las Vegas, The Lone Gunmen se reúnen con Susanne Modeski, la misteriosa mujer que desapareció 10 años antes.
Los restos esqueléticos de una pareja joven se encuentran después de que han estado desaparecidos durante solo tres días en un área conocida por la actividad ovni.
Mulder cree que los objetos metálicos descubiertos en la costa de África occidental son prueba del origen extraterrestre de la vida en la Tierra.