Al final del final de la séptima temporada, Fox Mulder fue secuestrado por extraterrestres. Dana Scully se encuentra con el Agente Especial John Doggett, el líder de un grupo de trabajo del FBI organizado para realizar una búsqueda de Mulder. Aunque la búsqueda finalmente no tiene éxito, Doggett es asignado a los Expedientes X y trabaja con Scully para buscar explicaciones a varios casos. Cuando Scully se entera de que varias mujeres han sido secuestradas e impregnadas de bebés extraterrestres, comienza a cuestionarse su propio embarazo y teme por su hijo por nacer.