La temporada 3 comienza con el equipo Voltron enfrentando un futuro sombrío e incierto a pesar de su victoria ganada con esfuerzo sobre el emperador Zarkon al final de la temporada 2. El Imperio Galra podría tambalearse y nuevos mundos pueden estar aumentando en resistencia, pero con Shiro, ahora MIA, los Paladines se encuentran sin un líder y sin forma de volver a formar a Voltron. La nueva temporada establece dos conflictos paralelos de inmediato, ya que la Princesa Allura lidera a los Paladines en una búsqueda para encontrar un nuevo piloto para el León Negro mientras surge un nuevo enemigo para unir a la dividida Galra en la forma del hijo de Zarkon, Príncipe Lotor.
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