Algunos de los misterios y peligros de la isla se revelan durante la segunda temporada, que comienza con la aventura de Jack, Kate y Locke en la escotilla por primera vez. Allí descubren a Desmond, cuyo trabajo es introducir una secuencia numérica en una computadora cada 108 minutos. Eventualmente aprenden que la razón de esta tarea es evitar la liberación de actividad electromagnética dañina que puede causar accidentes aéreos, por ejemplo. También aprenden que la escotilla y otras estructuras en la isla fueron construidas en la década de 1970 por un grupo de investigación científica llamado Iniciativa Dharma. Los sobrevivientes hacen su primer contacto sostenido con pasajeros de la sección de cola del vuelo 815, liderados por una paranoica ex policía de Los Ángeles llamada Ana Lucía e incluyendo a la psicóloga Libby y un traficante de drogas nigeriano llamado Sr. Eko.