En A.I.C.O., después de un accidente biológico conocido como "La Explosión", el campo japonés está contaminado por una masa rastrera de materia destructiva. Se ha construido una serie de presas para mantener el asunto contenido. Aiko, una adolescente confinada en una silla de ruedas después de un accidente automovilístico, se entera de un misterioso nuevo estudiante, Kanzaki, que no es quien parece ser. Kanzaki le informa que después del accidente automovilístico, su cuerpo estaba en tan mal estado que su padre, líder en el desarrollo de Organismos Celulares Artificiales e Inteligentes (A.I.C.O.), realizó un experimento. Creó una versión completamente artificial de Aiko, transfirió su cerebro al cuerpo artificial y luego puso el cerebro artificial en su cuerpo dañado. Yuya Kanzaki, ofrece resolver el misterio llevándola con un grupo de buceadores profesionales al Punto Primario, que fue el centro de la Explosión.