En Nueva York existe una peligrosa pandilla liderada por un joven de 17 años llamado Ash Lynx, este chico desde muy pequeño huyó de casa y fue a parar a manos de un poderoso capo conocido como Dino Golzine, quien decidió adoptarlo. Sólo que Dino desde el momento en que se hizo cargo de él, también comenzó a abusar de Ash a su corta edad y aunque de cierto modo Lynx logra obtener más libertad para formar su pandilla y así no tener más relación con Dino, el mafioso aún ejerce bastante poder sobre él. Una noche, la vida para Ash comienza a cambiar aún más, pues cuando un hombre desconocido entra a su territorio y es baleado por uno de sus matones, éste antes de morir le deja una sustancia extraña y dice las palabras ‘Banana Fish’; estas palabras quedan resonando en Ash, quien antes ya había escuchado esta frase salir de la boca de su hermano mayor, por lo que está dispuesto a descubrir qué significa. La violencia y peligros comienzan a incrementar luego de aquella aparición de ese hombre desconocido y todo se complica más cuando un joven japonés, Eiji Okumura, llega al territorio de Ash. Aunque éste se encuentra en Nueva York ayudando a su superior en un reportaje sobre pandillas, Eiji termina por decidir a unirse al grupo de Ash a pesar de las grandes probabilidades que tiene de morir, pues de algún modo estos jóvenes con sus diferencias logran crear una conexión instantánea. Eiji y Ash se dispondrán a investigar juntos qué es lo que significa Banana Fish, pues ahora que conocen esta palabra, hay muchos enemigos rodeandolos.
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