En SAC_2045 avanzamos quince años en el futuro (respecto lo anterior, claro): la economía mundial ha colapsado (destruyendo el valor de la moneda corriente) y las grandes naciones están enzarzadas en una suerte de "guerras sostenibles" para mantener a flote la economía. El mundo está al borde del colapso y los antiguos miembros de la Sección 9 de Seguridad Pública, liderados por Motoko Kusanagi, que cuenta con extraordinarias habilidades telequinéticas y de combate, han formado una unidad de mercenarios que se autodenominan Ghost. Han recibido el encargo de una empresa privada de mercenarios de llevar a cabo una campaña contra los asaltantes de la costa oeste de América. Por otro lado, Togusa, que abandonó la desmantelada Sección 9 meses atrás para trabajar en una empresa de seguridad privada, ha estado escondido en la Dark Web por su cuenta, investigando las actividades de un grupo de mercenarios llamado Ghost. Sin saber cuál es su propósito, la Sección 9 vuelve a organizarse en medio de un torbellino de intrigas entre las principales potencias mundiales.
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