Yugi junto a sus mejores amigos y ahora Kaiba han logrado pasar más pruebas, el último enfrentamiento con Marik los ha dejado agotados, pues su parte más oscura logró ganar el duelo, pero las cosas no quedarán ahí por lo que todos inician una nueva aventura hasta que la nave de Kaiba decide desviarse de la ruta, pues ésta es atraída a una especie de fortaleza acuática y ahora todos ellos son absorbidos por un mundo virtual que dirige Noah, el hijo legítimo del padre de Kaiba. Los chicos encontrarán nuevos problemas en aquel mundo y sobre todo deberán averiguar cómo poder regresar a su verdadera realidad. Todos tendrán que enfrentarse a los antiguos ejecutivos de KaibaCorp y a Noah, pero también Yugi deberá alistarse para el torneo de Ciudad Batallas, así que tendrá que resolver pronto el enigma que los tiene atrapados.