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La segunda temporada se ha titulado "Stone Wars" y presenta la guerra final entre Ishigami Village y Tsukasa Clan. Después de que Tsukasa sea derrotado, habrá una expedición para encontrar la fuente del evento de Petrificación. Taiju y Yuzuriha se han asentado con las otras personas que encontraron.
11 episodios
Transmitida en Tokyo MX
Transmitida desde: 14 de enero de 2020
Ver reparto completo de la temporada 2
Senku continúa tratando de hacer avanzar el Mundo de Piedra, esta vez hace "comida espacial", en realidad es fideos de taza. Después de que Senku termina su proyecto, Gen tiene una epifanía y diseña un plan para acabar con el ejército de Tsukasa sin violencia.
Si bien la distracción de Senku compra a Gen y a otros en algún momento, pronto Homura se da cuenta de que algo no está bien.
Taiju y Yuzuriha están al borde de las lágrimas después de escuchar la voz de Senku, y Senku les informa de su plan para ganar la guerra sin derramamiento de sangre.
Chrome y Magma luchan con Ukyo, mientras que Senku se ocupa de construir un invento; una nueva esperanza.
Se hacen los toques finales al automóvil y se utiliza para transportar los suministros científicos a un acantilado fortificado que está cerca del imperio Tsukasa.
Chrome debe usar todo su conocimiento científico para escapar de su prisión y salvar a Senku y a otros.
Chrome regresa a la base del Reino de la Ciencia, donde es testigo del Steam Gorilla por primera vez. Mientras tanto, con la ayuda de los demás y con su falsa voz de Lilian, Gen logra convertir a más personas lejos del Imperio Tsukasa.
La batalla final por la cueva milagrosa comienza cuando Senku y el Reino de la Ciencia realizan un asalto frontal a la cueva.
Tsukasa y Hyoga vienen a capturar la cueva milagrosa. El Reino de la Ciencia debe comprar a Senku y Chrome algo de tiempo para cambiar el rumbo, o todo habrá terminado.
Se pide una tregua entre el Reino de la Ciencia y el Imperio Tsukasa. Todo parece ir bien, pero falta parte de la dinamita del Reino.
El Reino de la Ciencia sale victorioso, sin embargo, para Senku no ha terminado. Senku debe usar todo su conocimiento para curar a Tsukasa, quien está gravemente herido.