La segunda temporada se centra en cómo Naranjo asciende en la institución policial, y toda la estrategia que utilizó para detener al Cartel de Cali y al Cartel del Norte del Valle, quienes mantenían un perfil más bajo y eran mucho más inteligentes y menos impulsivos
24 episodios
Transmitida en Fox TV España
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Naranjo descubre que fue de hecho El Liso quien estuvo detrás de todo el asedio al palacio. Escobar celebra su "triunfo" después del ataque y asistimos a todo el dolor por la muerte y entierro del teniente Talero.
Naranjo muestra su astucia por dar con el paradero de Álvaro Fayad. Escobar muestra su odio hacia Naranjo y amenaza con sacarlo del camino. Amado Carrillo se queda intrigado por las habilidades de El Liso.
Una operación dirigida por Fonseca va terriblemente mal. Una ola de asesinatos pagados perpetrados por oficiales contratados por El Liso puso en jaque todas las decisiones tomadas por Naranjo y su equipo.
Naranjo cuestiona la lealtad del ejército después de los confusos acontecimientos en el Palacio de Justicia. El Liso muestra los ases infiltrados que tiene dentro de la DEA e idea un plan para matar a Naranjo.
El Liso escapa de Gacha y se refugia en casa de su madre. Naranjo y Andrade descubren donde se esconde El Liso y van tras él. Naranjo recibe algunas fotos comprometedoras de él y Rita, lo que pone en peligro su matrimonio.
Escobar toma medidas contra Wendy por ser informante de la DEA. El Liso se pone a cargo de todo el negocio del narcotráfico. Naranjo tiene que demostrar que puede ser parte de los hombres de confianza de la DEA.
El Negro y sus hombres atacan a Martínez y Andrade al sospechar que son policías. Escobar interviene cuando está a punto de producirse la extradición de Jorge Luis Ochoa.
Claudia da a luz a su segunda hija. Naranjo prepara la misión más ambiciosa de su carrera: la captura de Escobar y Amado Carrillo en la misma operación. Escobar planea otro secuestro en Bogotá para presionar al Gobierno.
El expresidente Saldaña le pide a Naranjo que rescate a su hijo sin poner su vida en peligro. Por otra parte, la agente Martínez se gana la confianza de Desiré, la amante de Escobar, y le propone que la ayude a capturar a Escobar.
Negro secuestra al procurador, tal y como le ordenó Escobar. Fonseca y Martínez llevan a Tobón a ser interrogado por Naranjo. Entretanto, el general afronta dos misiones complicadas: el rescate de Saldaña y la captura de Escobar y Carrillo.
Naranjo le propone un tentador trato a Jorge Luis Ochoa: desmarcarse de Escobar a cambio de beneficios legales. Además, Amado Carrillo regresa a México seguro de que el Liso lo ha traicionado y planea una venganza.
En Cali, los hermanos Abadía chantajean a Fonseca: no contarán que permitió que Desiré se quede con lo dólares de Escobar a cambio de un favor. La temerosa mujer busca la protección de Roberto.
Naranjo interroga a Martínez y Fonseca acerca del paradero del dinero, pero ellos aseguran que no saben nada. Entretanto, la ejecución del plan de Liso y los Abadía para incriminar a Naranjo sigue su curso.
Quintero y Bustamante rodean la granja de Escobar para arrestarlo. Escobar y el Mexicano planean asesinar al candidato Dussán, mientras que Sarmiento y Naranjo sugieren que acepte protección policial.
El Piraña les revela a los Abadía el pan de Escobar: quiere colocar una bomba en el aeropuerto de Cali para asesinar a Velázquez y culpar al cartel de Cali. Los Abadía deciden actuar para mejorar la relación con el Gobierno y dañar a Escobar.
Los policías han cerrado las vías de acceso a Muzo y detienen a Freddy en un retén. El Mexicano está desesperado por recuperar a su hijo. Por su parte, Escobar planea otro atentado contra Velázquez.
En Cali, la policía, el mayor Fonseca y la DEA, al mando de Rita Cienfuegos, se alían con los narcos Los sicarios atentan contra la vida de Claudia y Marina. Escobar ordena que el Negro sea asesinado, mientras que el Liso y el Piraña piden dinero a los Abadía para liquidar a Pablo. El Anillo y un joven, el Suizo, ponen una bomba en un autobús.
Naranjo mete en problemas a Rita, pero la agente no se amilana y pone en duda la integridad de Naranjo. Rita tiene un informante que parece saber dónde se esconde el Mexicano, sin embargo, no pueden estar seguros de la veracidad de sus filtraciones.
Capanegra contrata a un sicario para que atente contra el candidato. Fonseca seduce a Martínez y descubre los secretos de su pasado. Pizarro es asesinado en pleno vuelo. Capanegra le cobra al paramilitar Carlos Castaño por el operativo cumplido.
En Cali, la policía, el mayor Fonseca y la DEA, al mando de Rita Cienfuegos, se alían con los narcos enemigos de Pablo Escobar para obtener información acerca de su paradero. En Bogotá, el general Rocha y Capanegra exterminan a los sicarios.
Rita y White exigen al general Silva, comandante de la policía, que sus mejores hombres participan en la búsqueda y captura de Escobar. Fonseca, que ha sido ascendido a mayor y Naranjo, que está en Argentina y ahora es coronel, dirigen el operativo.
Rocha y Capanegra descubren que Rueda es ahora el dueño de una cancha de tejo y se disponen a asesinarlo para que no los delate. La Cata, esposa de Escobar, pretende escapar a Alemania con sus hijos, pero Naranjo avisa a las autoridades del país.
Capanegra, que va tras los pasos de Rueda, sospecha que es informante de la policía, así que Rocha está decidido a eliminarlo. Rueda no se siente seguro, planea dejar la cancha de tejo y desaparecer un tiempo, pero Noriega insiste en acompañarlo.
En el lecho de muerte, Rueda le confiesa a Noriega que el general Rocha es el culpable del asesinato de Dussán, y Noriega graba en video su testimonio. Rueda no es la única víctima del terrible enfrentamiento armado.