La serie cuenta la historia se centra en el doctor en Geofísica Yusuke Tadokoro quien se embarca en una investigación, junto a un grupo de científicos que descubren un extraño flujo y grietas que atraviesan el fondo del océano. Tadokoro está convencido de su hipótesis sobre una posible catástrofe, y mientras recopila una serie de datos llega a la conclusión que dentro de dos años el archipiélago japonés se hundirá en el mar después de una serie de fuertes terremotos y erupciones volcánicas. Para poder resolver el problema, el gobierno japonés se embarca en un enorme proyecto para reubicar a toda su población a destinos en el extranjero y protegerlos del caos inminente.
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