La segunda temporada se encuentra titulada como Los Protegidos: ADN y tras el terrible enfrentamiento al que se vieron sumidos contra Borja donde incluso sus memorias fueron borradas, los Protegidos vuelven, pues la familia Castillo no quedó completamente separada, han recuperado sus recuerdos y van a reunirse para celebrar una feliz ocasión. Sandra y Culebra están a punto de casarse así que todos han sido invitados menos Rosa Ruano, de la que no se sabe nada en la actualidad, así que la familia tras celebrar el amor de Culebra y Sandra decidirán armar un plan para poder localizarla. Sólo que su nueva travesía los llevará a lugares más oscuros y peligrosos, por lo que deberán tener cuidado, pues hay nuevas amenazas rodeándolos y puede que en esta ocasión sus poderes no sean suficientes para salir ilesos.