Siguiendo los eventos ocurridos en el filme ‘Boss Baby: Family Business’, Theodore Templeton alías ‘Boss Baby’ es incriminado por malversación de fondos así que es destituido como CEO de Baby Corp. Vuelto a su forma de bebé, Boss Baby reaparece en casa de su hermano Tim y le pide permiso para quedarse un tiempo con él mientras arregla los problemas en los que está envuelto. Las hijas de Tim, Tabitha y Tina a su modo ayudan a su tío a solucionar toda clase de problemas que van surgiendo, sólo que Tabitha al ser la mayor en realidad no parece ser muy allegada a él, pero por otro lado, Tina, al formar parte de Baby Corp está dispuesta a ser su soporte y aliada. Tina conforma a un equipo de talentosos y diversos bebés con los que podrán resolver toda clase de misiones y seguir pistas para que Baby Corp no caiga en manos enemigas y sea destruida. Este nuevo equipo estrella hará todo lo posible para que Baby Boss vuelva a la cima y con él, el éxito del negocio perdure.