Ittoki Sakuraba lleva una vida normal, se considera a sí mismo como un joven común, pero pronto su vida cambia cuando un desconocido intenta atentar contra su vida. A raíz de este incidente en el que Ittoki resulta herido, le es revelado que en realidad es el heredero número 19 del clan ninja Iga por lo que seguramente fue atacado por uno de sus rivales del clan Koga, así que ahora deberá entrenarse en la única academia especializada de todo Japón para convertirse en un verdadero ninja moderno. Debido a que Ittoki nunca fue educado desde pequeño como sus compañeros respecto a ser ninja, no sabe bien qué esperar así que cuando llega a la escuela se asombra bastante de que ésta parece una preparatoria común, pues llevan uniformes muy parecidos a los de otras escuelas y aunque las chicas y chicos tienen la misma dinámica como cualquier adolescente, esto no significa que el entrenamiento ahí será sencillo. El futuro del clan Iga pronto descubre que debe entrenarse de la mejor forma y no sólo ir a divertirse, pues al ser el próximo líder él requiere de todas las herramientas necesarias para así terminar con sus rivales de Koga y aunque muchos parecieran ser agradables o simpáticos con él, nunca debe bajar la guardia, ya que hay un traidor en la escuela dispuesto a terminar con su legado.