Debido al aumento del nivel del mar, el planeta se encuentra casi en su totalidad bajo el agua, la civilización ha tenido que adaptarse a este gran cambio aunque no muchos lo han logrado. Ikaruga Natsuki es un joven que se ha quedado solo, pues su madre y abuela fallecieron hace tiempo y él sólo tiene una pierna ya que la perdió en un accidente hace varios años atrás. El joven ya no puede con el estilo de vida que permanece en la ciudad, así que regresa a su pueblo natal, el cual cada vez está más inundado y donde su abuela, una famosa geóloga marina, le ha dejado su barco, submarino y diversas deudas. Natsuki intenta salir adelante con lo que tiene, pero una mujer desconocida y que es una cobradora de deudas habla con él y le comenta que podría vivir más tranquilamente y tener todo un futuro por delante si encuentra el tesoro que su abuela se rumora que dejó en las ruinas de su laboratorio que está bajo el mar. Ikaruga no piensa desaprovechar esta oportunidad y baja hacia el laboratorio, pero lo único que encuentra es una joven en un ataúd. Esta chica se llama Atri y en realidad es un robot con un aspecto humano, incluso posee emociones que la harían pasar por alguna chica común, sólo que no lo es, al momento en que ella despierta le agradece a Natsuki por rescatarla y le promete que cumplirá la última orden de su maestro mientras lo ayuda en todo lo que haga falta.